CKI สำนัก/กอง ส่วนกลาง

สำนักงานเลขานุการกรม

กองการเงินและบัญชี

สำนักกฎหมายและที่ดิน

กองแผนงาน

กองพัสดุ

ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

สำนักเครื่องจักรกล

สำนักบริหารโครงการ

สำนักบริหารทรัพยากรบุคคล

สำนักวิจัยและพัฒนา

สำนักสำรวจด้านวิศวกรรมและธรณีวิทยา

สำนักออกแบบวิศวกรรมและสถาปัตยกรรม

สำนักบริหารจัดการน้ำและอุทกวิทยา

สำนักพัฒนาแหล่งน้ำขนาดใหญ่

สำนักงานจัดรูปที่ดินกลาง

กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร

กลุ่มตรวจสอบภายใน

กองประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ

กองพัฒนาการบริหารจัดการน้ำและการมีส่วนร่วม

กองพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง

สถาบันพัฒนาการชลประทาน